コロンビア中部沿岸サンヒエロニモ半島。キューバ危機によって撤退した基地に代わりソ連の中距離ミサイル基地の建設が計画されていたこの土地は、東西の緊張緩和で基地の建設が放棄され、祖国に捨てられたソ連兵が存在していた。
“スネークイーター作戦”から6年後の1970年。CIAのある特殊部隊が軍の秘密を盗み、半島を占拠した。既にFOX部隊を除隊していたネイキッド・スネーク（ビッグボス、以下スネーク）はこのクーデターに巻き込まれ、拘置所で捕虜尋問官を名乗る男に「賢者の遺産」の在り処を問われる。
そこでスネークは同じく拘置所に捕まっていた若きアメリカ兵ロイ・キャンベルと出会い、ともに脱出を図ることとなる。
スネークは、かつての上司・ゼロ少佐が国家反逆罪の容疑で拘束されている事、ビッグボス自身が叛乱の首謀者であるという容疑がかかっている事、そしてクーデターを起こした組織の名が、かつて自らも所属していた特殊部隊“FOX”であることを知る。
この嫌疑によって東側はもちろん、西側の陣営からも追われる身となったビッグボスは、仲間を集め、自らの潔白を証明するためFOXHOUND（FOXを狩るもの）を結成、FOX部隊の鎮圧へと乗り出す。
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